Som en af de 27 arkæologiske enheder, der varetager udgravninger på vegne af Slots- og Kulturstyrelsen, arbejder museets arkæologer efter en række retningslinjer og en strategi for både administrations- og undersøgelsesarbejdet.

Meget af udgravningsarbejdet udføres umiddelbart inden et større anlægsarbejde skal i gang, og arkæologerne arbejder derfor ofte under tidspres for at færdiggøre udgravninger.

Der er i 2025 sket flere ændringer i museets arkæologiske praksis som følge af ændringer i Museumsloven og Slots- og Kulturstyrelsens bestemmelser for den arkæologiske opgavevaretagelse.

Museets arkæologiske strategi og retningslinjer findes her.

Slots- og Kulturstyrelsens introduktion til arkæologiske udgravninger for bygherrer findes her.